Plusieurs parcours universitaires peuvent être envisagés : d'une part, les parcours musicologie, comme ceux que proposent les universités de Paris IV (Sorbonne), Paris VIII (Saint-Denis), Nice ou Saint-Etienne, et d'autre part le parcours du Département d'anthropologiede l'Université de Nanterre qui propose une spécialité en L3 puis en master en Ethnomusicologie et Anthropologie de la danse. Par ailleurs, il offre aux musiciens interprètes ou compositeurs un partenariat avec le Conservatoire de Rueil-Malmaison et avec le Cefedem de Normandie pour une Licence Pratique musicale et ethnomusicologie.
Les études d'ethnomusicologie peuvent également être poursuivies au niveau du master.
Les études d'ethnomusicologie peuvent être poursuivies dans le cadre du 3e cycle. Des sociétés spécialisées permettent de découvrir les formations existantes :
La Société française d'Ethnomusicologie (SFE) s'est donnée pour mission d'encourager, soutenir et promouvoir cette discipline dans les milieux scientifiques et culturels selon quatre axes : la recherche, la formation, la consultation et la publication.
Le Centre International de Recherches Interdisciplinaires en Ethnomusicologie de la France (CIRIEF) a pour but de promouvoir l’ethnomusicologie française au plan national et international, par le biais de la recherche, de la formation et de la valorisation des travaux scientifiques.
Il existe par ailleurs un certain nombre d'écoles doctorales qui relèvent de disciplines diverses (linguistique, philosophie, ethnologie, anthropologie, sociologie, musicologie) et ont toutes des axes de recherche en rapport avec la musique.